Em decisão pró-contribuinte, a 1ª Turma do Superior Tribunal de Justiça definiu, no REsp 1.428.247/RS, que o ICMS recolhido pela sistemática da substituição tributária gera crédito de PIS e Cofins tanto quanto o ICMS operacional.
Na sistemática da substituição tributária, o substituto (geralmente o indústrial ou importador) é responsável pelo recolhimento do ICMS de todas as operações subsequentes até a venda ao consumidor final.
Dessa forma, a Fazenda Nacional entende que os substituídos não pagam o ICMS, razão pela qual não teriam direito aos crédito referentes à sua exclusão das bases do PIS e da Cofins. Os contribuintes, por sua vez, argumentam que os fornecedores embutem o valor do ICMS-ST no preço, de modo que haveria o recolhimento do PIS e da Cofins sobre o tributo, dando origem ao direto de recuperação dos créditos.
Apesar da 1ª Turma decidir de forma mais favorável aos contribuintes, a 2ª Turma tem decisões que negaram a possibilidade do crédito como, por exemplo, o REsp 1.456.648/RS. Assim, devido aos entendimentos conflitantes entre as Turmas, a controvérsia deve ser pacificada pela 1 ª Seção do STJ, pois é provável que a Fazenda recorra da decisão através da oposição de embargos de divergência.